این بنا تا زمان سلطان محمد خدابنده مشغول به کار بوده است و ویرانی آن بطور کامل و دقیق هنوز مشخص نشده است که درچه سالی بوده است ولی در نوشته های حمدالله مستوفی درسال 720 به ویران بودن آن اشاره دارد.
سر در بلند ورودی مسجد ملارستم دارای قوس جناقی و مقرنس کارسهای گچی است در حاشیهٔ سردر مسجد از گچبریهای شبکهای و تزیینات مهندسی استفاده شده و کتیبهای از سنگ مرمر در کنار این سردر ورودی به چشم میخورد.